현재 전국적으로 확산되고 있는 고병원성 AI (H5N6) 바이러스의 유전자분석 중간발표 결과,우리나라 H5N6 바이러스는 중국 광동성에서 유행하였던 H5N6 바이러스와 유사한 것으로 분석되고 있다.

검역본부가 현재까지 추가적으로 분리된 H5N6 바이러스(106건)를 분석한 결과에서, 분리된 H5N6 바이러스는 모두 5개의 유전형에 속했다고 밝혔다.
이는 11월 29일 역학조사위원회 결과 발표한 5개 유전형에서 추가된 것이 없이 동일한 결과로(C1-C5형)C1형 2건, C2형 20건, C3형 9건, C4형 59건, C5형 16건로 나타나고 있다.

PA 유전자 3종류(그룹 간 91.49∼94.14%)와 NS 유전자 2종류(그룹 간 96.72∼97.33%)를 기준으로 이론상 6가지 발생 가능한 유전형 중 5가지가 발생되는 것으로 보고되고 있다.

농림축산검역본부 이희수 조류질병과장은 "바이러스가 추정되는 유입 경로는 2016년 봄 중국 광동성에서 H5N6에 감염된 야생조류가 시베리아, 중국 동북부 지역의 번식지로 이동 후, 이곳에서 교차 오염된 야생조류가 우리나라로 도래하면서 유입된 것"으로 보인다면서,"우리나라 H5N6 바이러스 중 C1형, C2형은 중국 H5N6 바이러스와 98.42∼99.93% 상동성을 보여 동일한 유전형으로 분석돼 이같이 판단한다고 밝혔다. 
이는 C3∼C5형은 중국 H5N6 바이러스와는 PA 유전자에서 일부 차이를 보였으며(91.82~92.79% 상동성), PA 유전자는 야생조류에 있는 저병원성 AI 바이러스로부터 유래된 것으로 추정된다는 것이다.

이어, "최근 중국에서 발표된 자료에 따르면 중국에 유행하는 H5N6 바이러스는 최소 34개의 유전형이 있으며, 이 중 G1.1.9형이 우리나라에서 발생하고 있는 H5N6 바이러스와 가장 유사하다"고 밝혔다.

이희수 과장은 "G1.1.9형은 중국 광동성 생축시장의 오리에서 2016년 1월 분리된 바이러스들이 속하는 유전형으로 지금까지 분석된 전장 유전자 분석자료(8건)는 인플루엔자 유전자 데이터베이스(GISAID; global initiative on sharing all influenza data, accession no. EPI866074-EPI866137)에 12월 13일자로 공개했다"면서,"향후에도 유전자 분석정보와 현장 역학 분석자료 등을 종합해 역학조사에 활용해 나갈 계획"이라고 밝혔다.

한편,전문가들은 바이러스의 농장 발생원인에 대해서 철새 이동경로를 따라 감염된 철새가 주로 서해안 지역을 광범위하게 오염시키고, 오염된 지역에서 사람, 차량(기구), 소형 야생조수류(텃새 등) 등을 통해 농장내로 바이러스가 유입돼 발생한 것으로 추정하고 있다.

또한,농장 주변의 오염된 환경에서 축주나 농장방문자가 적절한 소독절차 없이 농장을 방문하거나, 혹은 사료․왕겨․약품 등 물품 반입 또는 알 등을 반출하는 과정에 오염원이 유입되거나,농장 인근의 텃새 등 야생조수류가 농장이나 축사로 침입해 오염원이 유입되었을 것으로 추정하고 있다.

이는 이번 발생농장 중 야생조수류가 관찰되는 농장이 113건(81.9%)로 대다수로 H5N6가 확인된 농장 중 138개 농장이 이에 해당한다는 것이다.

산란계 농장은 현재까지 양성농장이 42건(발생 15, 예방적살처분 27)됐고, 종오리 농장은 현재까지 16건 양성(발생 10, 예방적살처분 6)이 확인됐는데 올해 발생은 과거 발생빈도가 가장 높은 차량이동요인(35%)이 아직 확인되지 않고 있고, 나주(3건), 진천(4건) 등에서 산발적 발생하는 양상을 보이고 있다.

육용오리는 현재까지 양성이 59건(발생 13, 예방적살처분 46)확인됐으며, 오리농장이 밀집되어 있는 음성과 진천에서 주로 발생하고 있다.

현재까지 발생양상은 동시다발로 발생하면서 일부 지역(음성, 진천, 포천 등)의 방역대내 오염지역에서 많은 양성농장이 나타나고 있어 검역본부측은 기계적 전파에 따른 확산방지 및 농장 차단방역에 초점을 맞춰 역학조사를 추진해 나가고 있다고 밝혔다.