친환경안전축산물직불제는 친환경축산 실천 농업인에게 초기 소득 감소분 및 생산비 차이를 보전함으로써 친환경축산의 확산을 도모하고, 환경보전을 통한 지속가능한 축산기반 구축을 위한 사업이다.

신청자격은 신청일 기준 친환경축산물 인증과 HACCP 농장인증을 모두 받고 농업경영정보를 등록한 농업인ㆍ농업법인이며, 신청서는 친환경축산물 인증서 사본, HACCP 인증서 사본과 함께 농장소재지 관할 농관원 지원 및 사무소에 제출하면 된다.

신청농가의 총 금액이 전체 예산을 초과할 경우, 예산범위 내에서 신청자 중 우선순위 기준에 따라 사업대상자를 선정한다.

사업대상자로 선정된 농업인에게는 친환경축산물 인증품으로 판매한 출하량에 따라 농가당 유기인증은 연 3천만원, 무항생제인증은 연 2천만원까지 보조금이 지급되며, 산지생태축산농장으로 지정된 농장은 지원액의 20%가 추가 지급된다.

다만, 직불금은 최초 지급년도 기준으로 유기인증은 5년간(불연속인 경우 5회), 무항생제인증은 3년간(3회) 지급된다.