유전자재조합식품등의 표시기준 제1조(목적)에 의하면,유전자재조합식품등의 표시에 관한 사항을 규정함으로써 소비자에게 올바른 정보를 제공함을 명시하고 있으나,제도취지를 충족시키지 못하는 표시기준으로 인해 소비자의 알 권리 침해하고 있다는 지적이 일고있다.

이운룡 국회의원(새누리당, 농림축산식품해양수산위원회)이 식약처로부터 제출받은 “GMO농산물 수입현황”을 분석한 자료에 따르면, 국내 상위 4개사가 수입한 GMO농산물은 486만 8천 톤으로 전체 수입량565만7천 톤의 86%를 차지하는 것으로 나타났고, 최근 3년 동안 GMO농산물은 565만 7천 톤이 수입 된 것으로 나타났다.

특히, CJ제일제당의 경우 GMO콩으로 만든 대두유(식용유)를 생산하고 있으며, 사조해표 역시 대두유, 고추장, 된장 등을 제조하고 있고, 삼양제넥스의 경우 물엿과 과당을 생산하고 있는것으로 나타났으며,대상은 수입된 GMO농산물을 전량 접착제, 전분 신소재 등 산업·공업용 자재로 사용하는것으로 조사됐다.

현행 법령은 유전자재조합 DNA가 남아있는 식품으로 원료 함량 상위 5순위 이내 식품에 한해 GMO표시를 하도록 규정 하고 있으나 현행 GMO 표시기준으로는 제품을 구입하는데 있어서 GMO농산물의 포함여부를 확인 할 수 없는 실정이다.

따라서,지금의 표시기준으로는 GMO 대두·유채를 가공해 생산한 식용유에서 GMO DNA 또는 외래단백질이 검출 되지 않는다는 이유로 표시 대상에서 제외되고 있다.
또한, 6번째 GMO농산물이 가공식품 구성비의 16.5%를 차지하더라도 5가지 주요 원재료에 포함되지 않아 GMO식품으로 표시하지 않고 있다.

GMO식품의 경우, 오랜 기간 검증돼 온 다른 식품들과는 달리 현재 과학적 지식으로는 100% 안전성을 보장 할 수 없으며, 위험성에 대한 명확한 근거를 제시 할 수도 없는 상황에 직면해 있다.

이에 이운룡 의원은 "먹을거리의 안전성은 개인의 건강과 직결되는 문제"라며, "식품에 GMO원료를 사용한 경우 원재료 사용함량 순위 및 GMO성분 잔류 여부와 관계없이 모두 표시 하도록 기준을 강화해야 한다"고 강조했다.
따라서 "소비자의 알권리를 충족시키고, 식품에 대한 국민적 신뢰를 제고하기 위해 '식품위생법 일부개정법률안'을 5월 중 대표발의 할 예정"이라고 밝혔다.
 
선진국 유럽연합의 경우엔 우리와 달리 유전자재조합 DNA 잔류 여부 및 원재료 순위와 무관하게 표시하게 하고 있어, 소비자의 알권리 강화에 보다 적극적인 편이다.