농식품부 산하기관인 농림수산검역검사본부가 이번 정부조직개편으로 거의 반토막이 날 위기 상황에 놓였다.
이는 검역본부의 인력중 상당수가 새로 신설되는 해양수산부와 식품의약품안전처로 가게 되면서 직원수가 전체 1천 3백명대에서 8백명대로 대폭 축소될 것으로 보여지기 때문이다.

농림수산검역검사본부 노동조합은 18일 서명서를 내고 "중앙정부가 동물․축산물, 식물 그리고 수산물 검역검사업무를 통합시켜 시너지 효과를 내라고  한지 겨우 1년 8개월만에 다시 해체를 반복한다" 며 "그간 모든 직원이 함께 구제역 매몰지 합동점검과 수산물 원산지 합동단속 등 하모니와 시너지 효과를 위해 흘린 땀방울이 무의미해 졌다"고 한탄했다.

이는 기존 식약청을 식약처로 격상시키면서 검역본부 인력을 200~300명을 빼내가도 모자라 또 추가 증원까지 한다고 한데에 따른 것으로 노동조합 한 관계자는 "그동안 동시에 진행되던 검역과 검사업무가 분리되더라도 행정․전산․사서 등 공통 인력 및 검역과 검사 양쪽 모두 똑 같은 소요 인력이 발생하게 된다" 며,"이번 조직개편을 통해 검역 본부의 도축장․HACCP 등 위생․검사 , 구제역․조류인플루엔자 등 국경검역․가축방역, 해외병해충 등 식물 검역, 수출지원 사업과 연구업무 등 주요업무에 공백이 발생하지 않도록 중앙정부는 손실에 따른 조직과 인력을 강화해 주기 바란다"고 밝히며 동식물 검역 인력과 공통 인력,그리고 동물검역부와 식물방제부 신설을 요구했다. 

한편,박근혜정부 들어 수산분야가 해양수산수로 이관되면서 농림부 산하기관인 농림수산검역검사본부의 새 명칭에도 관심이 쏠리고 있다.

이에 농림수산검역검사본부 내 단체 협의회 (구)수의과학검역원과 식물검역원은 새정부 기관명칭 개정과 관련해 농림수산검역검사본부에 근무하는 직원들을 대상으로 설문조사를 실시한 결과, " '동식물검역본부'로의 명칭개정이 53%, '동식물검역검사본부' 로의 명칭이 바람직하다는 응답이 32%로 조사돼 기관명에 '동식물검역'이 꼭 들어가야 한다는 응답이 전체의 85%를 차지한 것으로 나타났다"고 밝혔다.

이는 지난 3월14일 하루동안 검역본부 전체직원 1,339명 중 34%에 해당하는 451명이 설문조사에 응답해 참여한 결과로 다른의견인 '농림축산검역검사본부'로의 명칭은 6%,'농림축산검역본부'명칭은 5% 지지 로 나타나  선진국 외국의 사례처럼 '동식물' 을 강조한 명칭을 더 선호하는것으로 밝혀졌다.